A data de 1554 inscrita sobre a porta da Igreja da Misericórdia indica que ela foi, talvez, concluída naquele ano, entrando então ao serviço do culto. Nada tem ela de notável. Com uma porta única virada para a rua do Poço, o seu corpo principal é de abóboda com nervuras, tendo do lado do Evangelho um púlpito de boa madeira, assente sobre coluna de pedra e servido por uma escada de granito. Deste mesmo lado parece ter havido uma porta de serventia para a rua do Castelo, já, porém, há muito tapada a pedra e cal. A capela-mor é separada do corpo principal por um arco de alvenaria e uma grade de madeira, tendo do lado do evangelho uma janela e do lado da epístola uma porta que dá para uma pequena sacristia sem luz própria. No altar há as imagens de Santa Isabel, de Santa Luzia e de Santo Amaro.
Apesar de modesta e de nada mais se poder apurar sobre os seus primeiros tempos, certo é que a Igreja da Misericórdia tem vindo a sofrer vários reparos e obras. Assim, em mesa de 15 de Fevereiro de 1753, foi resolvido que se reparasse a casa do hospital e na capela a colocação de um campanário de pedra grosseira para o sino, que ainda existem, parecendo, porém, que só mais tarde o sino seria posto, ou o primitivo substituído.
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